A Comissão é presidida pela servidora Jakeline Sipriano de Souza. Além disso, é composta pelos servidores Roberto Noda Kihara Filho e Daniela de Melo Mitev. De acordo com a pulibação, o objetivo é apurar "supostos atos lesivos praticados contra a Administração Pública, descritos no artigo 5º, incisos I, II e III, da Lei Federal nº 12.846/13". 

Caso a investigação conclua que os delitos foram cometidos, a Controladoria-Geral do Estado (CGE) poderá aplicar multa entre 1% e 20% do faturamento bruto do exercício anterior aos delitos. 

A empresa é acusada de pagar propina ao ex-governador Silval Barbosa (sem partido) no valor de R$ 10 milhões por ano ao ex-chefe de Estado entre os anos de 2011 e 2014. A propina seria em troca de incentivos fiscais. No total, o ex-governador teria recebido mais de R$ 40 milhões. 

O ex-governador teria mandado fraudar um documento, com data retroativa, para incluir a JBS no Programa de Desenvolvimento Econômico Industrial e Comércio (Prodeic). Com isso, ela recebeu mais de R$ 70 milhões a titulo de créditos fiscais. 

A empresa também foi alvo de uma Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI), na qual foi investigada por formar cartel. A comissão concluiu que o JBS recebeu mais de R$ 102 milhões a título de incentivos fiscais, por meio da Agência Especial de Financiamento Industrial (FINAME), subsidiada pelo BNDES.